L'attuale distribuzione delle specie vegetali che formano la flora italiana è il risultato di una storia millenaria, legata a vicende geologiche e climatiche e all'opera modificatrice dell'uomo.Nel periodo geologico chiamato Pliocene, al termine dell'Era Terziaria, cioè da 6 a 2 milioni di anni fa, quella che noi oggi chiamiamo Italia emergeva dal mare in modo molto incompleto e frammentario: l'arco delle Alpi e dell'Appennino settentrionale, saldato all'Appennino centrale, delimitava un grande golfo padano; più a sud, un arcipelago di isole corrispondeva ai monti più elevati dell'Appennino meridionale e della Sicilia; a ovest, Sardegna e Corsica si presentavano come un'unica isola, ed erano ormai prossime a concludere alterne vicende di sommersione ed emersione iniziate trecento milioni di anni fa.Nel Pliocene, il progressivo raffreddamento del clima spinse sempre più verso sud la flora di tipo tropicale, che aveva dominato le terre emerse nei periodi precedenti.Nell'arcipelago dell'Italia mediterranea e nel complesso sardo-corso si insediarono due insiemi fondamentali di specie: una flora di tipo subtropicale, dominata soprattutto da alberi e arbusti sempreverdi, come l'alloro (Laurus nobilis), il bosso (Buxus semipervivens), l'agrifoglio (Ilex aquifolium) Questa flora può essere paragonata a quella attuale delle isole Canarie, sebbene fosse senz'altro più ricca di specie. Nelle parti più elevate di queste terre emerse si insediò, invece, una flora simile a quella degli attuali boschi di querce sempreverdi e della macchia 'mediterranea, dominata da specie come il leccio (Quercus ilex), il corbezzolo (Arbutus unedo), le filliree (Phyllirea, specie diverse) e i lentischi (Pistacia lentiscus).Sulle Alpi e sull'Appennino settentrionale e centrale la flora in questo periodo era formata da specie di origine diversa. Le soldanelle (Soldanella), le adenostili (Adenostyles), il liliastro (Paradisia liliastrum) e il raperonzolo delle rocce (Physoplexis comiosa) costituiscono esempi di generi e di specie originatisi dalla flora che popolava le pianure e le colline ai piedi di queste montagne in formazione.Altre specie hanno invece i propri antenati nelle montagne eurasiatiche o in quelle africane e nei contigui altopiani continentali.Le catene dei Carpazi e dei Balcani, vecchie come le Alpi e gli Appennini, e forse più, furono i "ponti" di passaggio o i luoghi di origine per molti generi che arrivarono sulle Alpi e sull'Appennino settentrionale e centrale in questo periodo: dall'Asia centrale e orientale provennero le primule (Primula), le genziane (Gentiana), i rododendri (Rhododendron), le artemisie (Artemisia), le stelle alpine (Leontopodiun) e altri ancora. Dalle antiche montagne mediterranee e dall'Africa settentrionale arrivarono i narcisi (Narcissus) i crochi (Crocus), le campanule (Canpanula), l'antillide (Anthyllis vulneraria).